Alonso marcó una vuelta de 1 min. 23.973, 1.095 segundos por delante del Toyota Gazoo Racing 7 TS050-Hybrid y 1.7 segundos por delante del coche líder no híbrido, el Rebellion Racing R13-Gibson 3 de Thomas Laurent. El Aston Martin Racing Vantage 95 marcó el mejor tiempo de LMGTE del día, con Nicki Thiim haciendo 1 min. 37.659 para terminar la segunda sesión de entrenamientos libres del fin de semana de las 6 Horas de Fuji en lo alto de la tabla de tiempos de la categoría. Su tiempo fue casi un segundo más rápido que el más rápido de la sesión de la mañana. El Ford GT 67 de Harry Tincknell fue el segundo más rápido. El piloto británico se quedó a 0,162s del líder. El AF Corse Ferrari F488 71 fue el tercero más rápido por delante de los dos Porsche 911.

Signatech Alpine, reciente ganador confirmado de las 24 Horas de Le Mans, fue el más rápido de los corredores de LMP2. Andre Negrao marcó la vuelta de 1 min. 30.410, cuatro décimas por delante de los dos Jackie Chan DC Racing Orecas, con el 38 por delante del 37 por 0.1 segundos.

Los dos Dempesy-Proton Racing Porsches encabezaron la categoría LMGTE AM, con Matteo Cairoli en el 911 88, marcando 1 min. 38.989, 0.163 s por delante de Matt Campbell, en el coche 77.

La tercera sesión de entrenamientos libres tendrá lugar mañana por la mañana a las 09.30 (local)/02.30 (CET) y se ampliará de 60 a 90 minutos, debido al tiempo perdido a causa de las banderas rojas en las dos primeras sesiones.